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O CIISA coordena as actividades de investigação e desenvolvimento da FMV, em articulação com as estratégias definidas pelo Conselho Científico.

As áreas de investigação do CIISA cobrem as:
• Ciências Veterinárias
• Ciências Agrárias
• Ciências da Saúde
• Biotecnologia
• Ciências do Mar.

Organização

A investigação no CIISA encontra-se estruturada em 4 áreas principais:

A – Sanidade Animal e Prevenção, com os seguintes núcleos:
. Epidemiologia e Saúde Pública Veterinária
. Doenças Infecciosas
. Virologia e Imunologia
. Bacteriologia e Imunidade de mucosas
. Parasitologia e Animais Silvestres, selvagens e de Zoo.

B – Segurança e Tecnologia dos Alimentos, com os seguintes núcleos:
. Inspecção Sanitária
. Bioquímica dos alimentos
. Farmacologia e Toxicologia
. Tecnologia dos Produtos de Origem Animal

C – Patologia e Medicina, com os seguintes núcleos:
. Anatomia
. Reprodução
. Fisiologia e Biologia do Desenvolvimento
. Patologia e Histologia
. Hospital Escolar, incluindo os sectores de Cirurgia, Medicina e Imagiologia.
. Medicina de Animais de Produção

D – Biotecnologia e Produção Animal, com os seguintes núcleos:
. Nutrição e Biotecnologia
. Produção Animal
. Ciência Animal Tropical.